Dès la programmation, il est important d’identifier les postes de fonctionnement et d’affiner leurs coûts. Le budget varie en fonction des jardins, de leurs objectifs et de leur gestion. Des astuces existent pour rationaliser les coûts comme la mise en place d'un circuit de récupération, l'achat en gros du matériel, la mise en place d’équipements sobres et solides et une animation efficace en ayant recours à des jardiniers référents.