Le CAUE accompagne CA3B dans ses démarches de projets et d'animation (patrimoine, paysage, espaces publics, habitats, équipements publics, concertation...). Toutes les 74 communes de l'agglomération sont, de fait, adhérentes. Le CAUE apporte également son soutien aux pôles ADS de Montrevel-en-Bresse et Bourg-en-Bresse, à l'aide de permanences régulières avec les instructeurs, afin de mieux définir l'argumentaire des instructions du point de vue paysager, urbain et architectural auprès des particuliers.

Sont distinguées principalement deux types de prises en charge selon trois types d'interventions par le CAUE sur le territoire de la CA3B :
-soit 2 jours pris en charge par le CAUE de l'Ain, pour une commune avec une mission d'intérêt purement communal
-soit une prise en charge partielle par le CAUE de l'Ain et la CA3B pour une commune avec une mission présentant un intérêt communautaire (coeur de village, aménagements en cohérence avec l'agglo, urbanisme durable, équipements...) ou bien pour la CA3B avec une mission spécifique (actions de sensibilisations ou d'accompagnement à un dossier - ex. : permanence auprès des services instructeurs - sites et patrimoines remarquables - atlas du paysage - tourisme, notamment les campings... ).

Des conventions de missions spécifiques sont établies directement, le cas échéant, entre le CAUE de l'Ain et la CA3B ou bien les communes membres.