Le respect de l’environnement est souvent un point de la charte des jardins collectifs. L’usage des produits phytosanitaires est interdit dans les jardins. Il existe des alternatives naturelles pour lutter contre les ravageurs et les maladies. Pour éviter leur apparition et améliorer les productions, certaines pratiques naturelles comme la rotation et la diversification des cultures ont prouvé depuis longtemps leur efficacité. La préparation du sol est également fondamentale pour faciliter le développement des végétaux. Celle-ci se traduit entre autres par un décompactage, un apport en amendement naturel type compost et un paillage des sols.