La première guerre mondiale change le paysage géopolitique de la région. Fin de l'Empire ottoman, nouvelles entités politiques sous Mandat britannique et français, nouvelles frontières, « la Terre sainte » est partagée. L'École pratique d'Études bibliques est devenue, en 1920, l'École biblique et archéologique française de Jérusalem, sous l'autorité scientifique de l'Académie des Inscriptions et Belles Lettres.

La première guerre mondiale semble aussi avoir changé beaucoup de choses dans la vie de Jaussen. Prisonnier des Turcs à l'automne 1914, il sera vite libéré puis mobilisé auprès du Service des Renseignements à Port-Saïd. Quand il revient à Jérusalem, il entre dans une nouvelle phase historique. Finis les caravanes archéologiques, les longs et fréquents séjours chez les bédouins de Moab et d'Arabie. Il semble même s'éloigner de ses chers amis chrétiens de Madaba. Il va désormais consacrer ses vacances d'été que lui laissent ses activités de professeur, à des travaux sur la rive occidentale du Jourdain. En Palestine occidentale, sous Mandat britannique, il va travailler non plus sur les bédouins et les paysans mais sur ce qui la différencie le plus de la partie orientale, transjordanienne : la ville.