La commune de Saint-Jans-Cappel est parcourue par la becque du Mont- Noir, affluent de la Lys.
Ce cours d'eau maîtrisé et régulé par un bassin de rétention des eaux en cas de fortes pluies rythme l'aménagement du centre village.
La place de Saint-Jans-Cappel est marquée par la présence de cette becque, déviée autrefois pour passer sous l'église.
De nombreux petits ponts permettent d'accéder aux bâtiments édifiés derrière la becque et donnent au village son caractère .