En agriculture, la méthanisation permet de valoriser des produits ou sous-produits des exploitations agricoles, en traitant des effluents d'élevage (contribuant à la réduction des émissions de Gaz à effet de serre) , des résidus de culture, des cultures intermédiaires( permettant par la suite un retour au sol pour la fertilisation des cultures ou prairies). Ce procédé permet également d'obtenir du biogaz.