Le Centre Cernay correspond à une partie du Château Marguerite de Bourgogne. Le bâtiment existant est construit au dessus de caves médiévales à l'emplacement de la grande salle du château. Implanté sur une assise plus importante que le bâtiment d'origine, il a subit au cours du temps de nombreuses modifications en lien aux différents usages successifs qu'il a accueillit : Grand gouvernement, caserne, hôpital militaire, administration,... Il présente ainsi aujourd'hui 3 niveaux de caves voûtées en pierre, 2 étages de bureaux et un étage de comble aménagé (pour une moitié) dans l'ancien grenier. Les 2 étages de bureaux ont la particularité d'avoir divisé en 2, dans le sens de la hauteur, l'ancien étage noble du bâtiment, entraînant de profondes modifications structurelles et de façade.