La Lys prend sa source dans le Pas-de-Calais près de Fruges, et se jette dans l'Escaut à Gand. Canalisée dès Aire-sur-la-Lys, elle draine sur son parcours la plaine de la Lys qui forme une vaste zone humide.
Corridor écologique, elle constitue un lieu de grande importance pour la migration des oiseaux.
La qualité de ses eaux est médiocre, son schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE) en cours de finalisation "fixe les objectifs généraux d'utlisation, de mise en valeur et de protection quantitative et qualitative de la ressource en eau, de préservation des milieux aquatiques et de gestion des risques dur le bassin versant de la Lys."
226 communes adhèrent à un Syndicat Mixte pour le Schéma d'Aménagement et de Gestion des Eaux de la Lys.