L'abbaye fut fondée au VIIIème siècle par Saint Barnard. C'est une abbaye défensive, qui fut fortifiée par le comte de Savoie en 1282.

L'église Notre-Dame est classée au Monuments Historiques en 1889, suivie du cloître, et de la salle capitulaire en 1905, puis de l'inscription de la tour des Archives en 1928, et des façades et les toitures de la tour Dauphine en 1964. Les parties non classées font l'objet d'une inscription et d'un classement en 1991 et 1992.

Suite à la création du festival d'Ambronay, crée par l'association "Art et Musique", orienté vers les musique ancienne et baroque, l'abbaye est labellisée Centre culturel de rencontre en 2003.

Ces classements historiques successifs permettent le développement d'une politique de protection et de restauration menée jusqu'à ce jour, et marquée en 2008, par le lancement, sous l'impulsion du Conseil Général, d'une campagne de restauration en trois phases, permettant au centre culturel de bénéficier d'espaces d'accueil, d'hébergement et de travail pour les artistes.